科学理论体系建立的关键不仅在于研究什么，而且在于怎样研究。物流过程是经济社会系统中的有机组成部分。它客观上具有多样化的外部联系、多层次的内部结构、精巧的运行机制和灵敏的传导机制，存在着一系列运动发展的客观规律和趋势，对微观经济实体和宏观经济管理有着不同的客观要求。要认识和把握如此复杂的经济过程，不能仅仅依靠某一种方法，而必须依靠一整套科学方法，或一个方法论体系。物流管理研究的方法，是在马克思辩证唯物主义和历史唯物主义的指导下，运用综合职能研究和系统分析的方法。迄今为止，研究流通现象的方法大体上可分为三种类型:
(1)商品划分法。它以特定商品作为研究对象来论述和分析流通问题，然后再将整个流通理论化。例如，以生产资料流通和以生活资料流通为研究对象建立起来的物资经济学和商业经济学，应用的就是这种方法。这种方法把流通研究视为某一部门的经济学，虽然能使具体研究成为可能，但往往跳不出政府行政管理部门的职能范围，这就极大地限制了考察问题的眼界，难以揭示出全社会范围内的各种商品流通过程的共有规律性。
(2)体制划分法。它按照构成流通的社会结构的体制，即批发业、零售、运输、仓储等，以此进行说明和分析，并以其为主线，建立流通理论体系。这种方法可以说很具体，但不易得出一般结论。
(3)职能研究法。它是选出与全部商品和全部体制有关的职能进行分析，并将整个流通的结构理论化。这种方法是实现逻辑体系化的基本方法。
综合职能研究法的目的是要建立起这样几个方法的逻辑体系:①宏观经济环境与物流系统相互作用的结构，其中包括物流的产生与发展、市场经济运行与物流系统等;②物流系统中各个职能要素相互之间的关联结构，例如，物流过程的各项物流活动、生产物流、供应物流、销售物流、绿色物流等;③物流管理与效率、效益、经济发展之间的因果关系结构，如物流组织管理、费用管理、现代化管理和物流合理化数量分析，以及城市物流管理、国际物流管理等。‘
综合职能研究以物流专门职能为研究的重点，同时又不忽视它们之间以及与整体的关系，否则就会出现简单化，或使理论体系出现逻辑上的混乱。
在运用综合职能研究方法的同时，现代物流管理研究还要运用系统分析方法。系统分析方法是根据客观事物具有的系统特征，从分析事物整体状况出发，着眼于整体与部分、整体与层次、整体与结构、整体与环境的相互联系和相互作用，求得优化的整体目标效应的综合方法。
除了综合职能研究方法和系统分析方法，现代物流管理研究还要综合运用科学抽象法、静态一动态分析法和定性一定量分析法等。只有这样，才能从根本上改变传统流通研究所存在的抽象力不足、概括能力差的现象，才能克服以孤立的静态、定性分析为主，把复杂的流通过程理想化的片面性。
我国正在沿着党所制定的路线，把建设有中国特色的社会主义事业全面推向21世纪。在这个过程中，物流的重要性将越来越为更多的人们所认识。为此，我们要借鉴发达国家的经验，在经济成长过程中尽早解决物流问题。只要我们以马克思主义为指导，运用科学的方法，对物流机能进行统筹规划、全面安排，推行整个经济社会物流合理化，就一定能为我国社会主义事业的全面发展创造有利条件。
